Il terzo altare sul lato destro della Chiesa è dedicato alle Anime. Il Crocifisso posto su di esso è una scultura in legno del secolo XV. Secondo la tradizione fu miracolosamente rinvenuto sulla vicina spiaggia. Il fatto può comunque essere realmente accaduto in quanto poteva trattarsi di un trasporto sacro di un vascello naufragato o di una polena staccatasi da una nave della Repubblica Genovese: spesso, infatti le polene raffiguravano la Madonna o il Cristo. 

Al di sotto del crocefisso la tela raffigurante le anime purganti, fu dipinta nell'ottocento dal pittore pegliese Rotondo.

E' questo il quadro più antico custodito nella Chiesa.